仔猪球虫病与仔猪黄痢症状非常相似，容易混淆。为了准确诊断这两种病症，避免诊断错误，现将这两种病的鉴别诊断技术作简单介绍。

一、从流行病学上鉴别诊断
(一) 仔猪球虫病
     本病多发于7～11日龄的仔猪，但是断奶仔猪也会发生，成年猪为带虫者。各种研究表明哺乳仔猪并不是摄入母猪粪便中的球虫卵囊而感染，目前还不知道等孢球虫是如何在猪场中传染。由于球虫卵囊发育需要较高的温度，因此本病多发于春末和高温潮湿的夏季，特别天气炎热时，母猪戏水把产床弄湿后容易引起哺乳仔猪发生该病。大多数情况下哺乳仔猪发病无季节性。
(二) 仔猪黄痢
     本病又称早发性大肠杆菌病，是由大肠杆菌埃希氏菌引起的仔猪常见肠道传染病之一。主要在出生数小时至5日龄以内仔猪发病，以2～4日龄最常见，一周以上的仔猪很少发病。以第一胎母猪所产仔猪发病率最高，死亡率也高，可高达100%。环境卫生不好的，可能多发；天气骤冷骤热或阴天潮湿时，发病率会上升。由于环境卫生良好的产房也常有本病发生，因此，目前认为母猪携带致病性大肠杆菌是发生本病的重要因素。
 
二、从临床症状上鉴别诊断
(一) 仔猪球虫病
     本病的临床症状多出现在7～11日龄的发病仔猪中，腹泻是本病主要的临床症状，粪便呈黄色到灰色。开始时粪便松软沿肛门下流或呈糊状，随着病情加重粪便呈液状。仔猪粘满液状粪便，发出酸臭味。一般情况下，仔猪会继续吃奶，但被毛粗乱，脱水，消瘦，增重缓慢。不同窝的仔猪症状的严重程度往往不同，即使同窝仔猪不同个体受影响的程度也不尽相同。本病发病率通常很高，但死亡率一般较低。

(二) 仔猪黄痢

     本病常常先是一头仔猪发生，很快蔓延到全窝。临床症状最急性的，看不到明显症状，于生后10多小时突然死亡，呈急性败血症死亡。生后2～3天以上发病的仔猪，病程稍长，先排黄色或黄白色稀粪，后拉半透明的黄色液体，有特殊的腥臭味，含有凝乳小片，严重时肛门松弛，排粪失禁，粪便污染尾巴、会阴、臀部和四肢等。捕捉时尖叫，由肛门流出黄色稀粪。病仔猪精神不振，常见昏睡，被毛粗乱无光，皮肤松弛，不吃奶，很快消瘦、脱水，常站立不动，走起路来摇晃，最后衰竭而死。
 
三、从病理变化上鉴别

(一) 仔猪球虫病
     仔猪球虫病特征性病变是空肠和回肠粘膜出现纤维素性坏死，肠绒毛萎缩和脱落，但只有在严重感染的仔猪中出现。
(二) 仔猪黄痢
     外观仔猪黄痢尸体严重脱水，干瘦，黏膜苍白发绀，肛门及腹部周围有黄白色稀粪污染。剖检濒死的黄痢仔猪常见胃、肠黏膜急性卡他性炎症，内容物为酸臭味，胃壁黏膜水肿，表面附着多量黏液；肠内有多量黄色液状内容物和气体，肠腔扩张，肠壁很薄，肠粘膜呈红色，病变以十二指肠最为严重，其次是空肠、回肠，结肠较轻。肠系膜淋巴结有弥漫性小出血点。肝脏常有瘀血，肝呈紫红色和红黄相间纹样色调。其他器官症状一般不明显。
 
     总的说来，猪球虫病和仔猪黄痢的主要鉴别诊断要点如下：
1、发病日龄不同
   仔猪球虫病感染发病的是7～15日龄之间的仔猪，5日龄前的仔猪一般不会发病；而仔猪黄痢感染发病的主要是出生7日龄内的仔猪，以2～4日龄最常见，一周以上的仔猪很少发病。
2、应用抗菌药疗效不同
   仔猪球虫病用抗菌药治疗无效，而仔猪黄痢应用抗菌药治疗有效。
3、传染性不同
   一旦一窝仔猪出现球虫病，等下一窝仔猪到7日龄马上也发病，接下来整栋分娩猪舍的哺乳仔猪一到7日龄都会发生球虫病；而整栋分娩猪舍的哺乳仔猪都发生仔猪黄痢较少见。
4、死亡率不同
   仔猪球虫病死亡率低；而仔猪黄痢死亡率很高。